Επί διακόσια περίπου χρόνια, από τα μέσα του 9ου μ.Χ αιώνα μέχρι τα μέσα του 11ου, την Ιαπωνία κυβέρνησε η οικογένεια των Φουτζιουάρα. Οι αυτοκράτορες κυβερνούσαν μόνο τυπικά. Συνήθως ασπάζονταν τον Βουδισμό και αναχωρούσαν σε μοναστήρια. Κατά τ’ άλλα ασχολιόντουσαν με ποιητικούς διαγωνισμούς, με τον θαυμασμό ανθέων, με την εισπνοή αρωμάτων και με την συλλογή μυκήτων. Οι αυτοκράτορες λάμβαναν συζύγους από την οικογένεια των Φουτζιουάρα και αυτοί επιτρόπευαν του θρόνου ως παππούδες ή θείοι οι πεθεροί του ανήλικου συνήθως αυτοκράτορα. Στα μέσα του 11ου αιώνα μ.Χ δύο ισχυρές οικογένειες στρατιωτικών διοικητών που είχαν διακριθεί στον πόλεμο κατά των Αϊνώ στην δυτική και την βόρεια Ιαπωνία παραγκώνισαν τους Φουτζιουάρα. Αυτές οι νέες ισχυρές οικογένειες ήταν οι Τάιρα κι οι Μιναμότο. Έγιναν τόσο ισχυρές ώστε ένας εκ των Τάιρα επιχείρησε, ανεπιτυχώς, να ανέβη στον θρόνο. Μετά τον θάνατο του αυτοκράτορα Κόνογε, το 1155 μ.Χ εξερράγη ένας εξοντωτικός πόλεμος ανάμεσα στις δυο οικογένειες. Επικράτησαν οι Τάιρα που σκότωσαν όλους τους Μιναμότο, είτε σε μάχη είτε με εκτέλεση. Οι Τάιρα εγκαταστάθηκαν στο Κιότο, που ήταν η πρωτεύουσα, και ανέλαβαν ουσιαστικά την εξουσία σε ολόκληρη την Ιαπωνία.
Από τους Τάιρα όμως δεν εξοντώθηκαν τελικά όλοι. Τέσσερα παιδιά γλίτωσαν δύο εκ των οποίων ήταν ο Γιοριτόμο, νόμιμος γόνος των Τάιρα κι ο Γιοσιτσούνε, νόθος, ετεροθαλής αδελφός του Γιοριτόμο. Αυτοί οι δυο μεγάλωσαν με σχέδια εκδίκησης και πραγματικά, όταν ανδρώθηκαν, μπόρεσαν κι εκδικήθηκαν τον θάνατο του πατέρα τους και των άλλων συγγενών τους. Τους δύο Μιναμότο βοήθησαν ευγενείς δυσαρεστημένοι από την διοίκηση των Τάιρα και η ισχυρή οικογένεια Χόγιο. Από αυτήν την οικογένεια ήταν η σύζυγος του Γιοριτόμο.
Οι Τάιρα ηττήθηκαν κι εγκατέλειψαν το Κιότο το 1.184 μ.Χ ενώ ένα χρόνο μετά συνετρίβησαν και στην ναυμαχία του Δαν-νο-ούρα. Οι νίκες των Μιναμότο οφείλονταν όλες στον Γιοσιτσούνε που δοξάστηκε μεν αλλά δεν μπόρεσε να απολαύσει τους καρπούς του θριάμβου του. Διαφώνησε με τον Γιοριτόμο, κυρίως τον φθόνησε για την μεγάλη του δόξα και φοβήθηκε πως θα τον αντικαθιστούσε με αποτέλεσμα να τον καταδιώξει το 1187 μ.Χ. Ο Γιοσιτσούνε κατέφυγε στον βορά αλλά ο Γιοριτόμο τον υποχρέωσε τελικά το 1189 μ.Χ να αυτοκτονήσει με χαρακίρι.
Ο Γιοσιτσούνε έμεινε στην ιαπωνική ιστορία σαν ένας εκ των μεγίστων στρατιωτικών ιδιοφυιών και είναι από τους πιο δημοφιλείς ήρωες στις διάφορες τέχνες και στα τραγούδια.
Από τον Γιοριτόμο ξεκινά ο θεσμός των Σογκούν που κυβέρνησαν ουσιαστικά την Ιαπωνία για 700 περίπου χρόνια.
